Q.学校法人で特定収入がある場合、特定収入割合が5%以下の時はその収入を考慮しなくても良いと聞きましたが、有価証券の譲渡の場合、特定収入割合の計算は、譲渡対価の5%相当額を対価として計算すれば良いのでしょうか？

A.いいえ、有価証券の譲渡においては、譲渡対価のうち5%相当額を使用するのは課税売上割合の計算上の例外規定であり、特定収入割合の計算ではそのような例外規定はありません。従って、有価証券の譲渡時には、譲渡対価全額をもとに特定収入割合の計算を行う必要があります。

参考：消費税法60条(4)、令48条(5)、75条(3)