Q.従業員の住宅取得を促進させるために、会社が設けた住宅取得資金貸付制度において、従業員の金融機関からの借入に対し会社が利子補給金として支払利息の一部を補助する場合、この利子補給金に関する消費税の取扱いはどのようになりますか？

A.会社が従業員に対して住宅取得資金の利息の全部または一部を利子補給金として給付する場合、この利子補給金は従業員への経済的利益の供与と見なされ給与に該当します。ただし、利子補給金の支給を受けても従業員の自己負担金利が年利1%以上である場合は、所得税が課税されません。このため、利子補給金は課税仕入れには該当せず、仕入税額控除の対象外になります。金融機関においては、利子補給金部分も含めた総利息が受取利息として非課税売上となります。

参考：法2①十二、6①、法別表第一第3