Q.公益財団法人が出版事業や宿泊施設経営を含む事業、補助金や寄附金の収入がある場合、消費税の取扱いはどうなりますか？

A.公益財団法人であっても、課税対象の仕入れを行った場合、その課税期間中に寄附金や補助金など商品やサービスの売上以外の特定の収入（特定収入）があれば、その収入に関連する消費税額を除いた額が仕入税額控除となります。特定収入の割合が全体の5％以下であれば、通常の計算方法で仕入控除税額を算出します。特定収入割合＝特定収入÷（資産の譲渡等による収入＋特定収入）。また、消費税簡易課税制度を選択して、基準期間の売上高が5000万円以下の公益法人は、特定収入に関わらず仕入控除税額の計算から特定収入に係る消費税額を控除する必要がありません。特定収入の割合が5％超の場合、仕入控除税額の計算方法は、仕入れに関わる消費税全額から特定収入に対応する額を差し引く方法や、特定収入に基づく個別の計算または調整割合による計算が含まれます。

参考：法37、 60④ 、令75③④